公館院區乃源於原國軍817醫院，台大接收後初期於1999.03.06只有門診服務，為儘早提供民眾更方便、完善的醫療服務，投入鉅資將國軍817醫院全面整修，購置全新儀器設備，建構完善資訊系統，並選派優秀醫療人員進駐， 本部亦同時成立，於2001.08.10公館院區開幕恭請總統夫人吳淑珍女士及行政院長張俊雄院長主持，陳維昭校長，陳定信院長，李源德院長及總院各一级主管多數與會，立法委員有李慶安、趙永清，潘維剛亦蒞臨參加. 

2001.08-2002.08公館院區副院長 林肇堂

            綜內部主任 黃冠棠

            副主任 許宏遠

2002.08-2003.08公館院區副院長 黃冠棠

            公館院區綜內部主任 許宏遠

            副主任 吳造中