為提升國內醫界在國際舞台的實力，台大醫院及台北榮民總醫院兩大醫學中心於 4月4日 正式宣布展開教學研究等多方面的合作計劃。此合作關係的源起始自民國85年，由當時台北榮總彭芳谷院長提議兩院建立建教合作關係，獲得台大醫院戴東原院長之支持。86年4月30日榮總程東照院長與台大戴東原院長在行政院衛生署張博雅署長的見證下，於衛生署大禮堂簽署「醫療教學及研究交流合作合約」，其後兩院各科部即展開相關交流活動，如：互邀對方專家至科部專題演講或指派住院醫師至對方接受短期訓練等，此期後陸續有小規模之互動，獲致交流之成果。

直至94年夏，台北榮總李建賢副院長與台大醫院楊泮池副院長有感於生物科技與醫學研究進步神速，若兩大醫院能互通人才，共用高科技設備，合作研究，必能減少重複投資，提升研究水準與醫療品質，於是重提加強合作之議。此議獲得台北榮總李良雄院長及臺大林芳郁院長的極力支持。 94年8月1日 雙方續訂合約後，即定期輪流召開教學研究合作會議，針對教育訓練、圖書資源共享、合作研究等主題，進行研議及合作進度檢討。

截至96年3月底止，雙方互邀主治醫師至對方專題演講已達50次，互派住院醫師至對方訓練之科部則包括了神經外科、骨科部及麻醉部，且兩院亦已建立了良好的圖書互借與互惠管道，共享資源。在合作研究方面，雙方於95年3月共同成立工作小組，商討合作要點，決定雙方各提撥新台幣一千萬元進行合作，首屆共通過12項合作研究計畫，於 96年1月1日 起開始執行。